Использование RcppArmadillo с bigmemory, возвращение bigmatrix

Я пытаюсь сделать некоторые операции с big.matrix с помощью RcppArmadillo ,
Проблема в том, что мне всегда нужно сохранять свои результаты как big.matrix избегая загрузки данных в оперативную память. Это мой код, где я создаю транспонирование big.matrix:

big_T.cpp

#define ARMA_NO_DEBUG

#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo, BH, bigmemory)]]

using namespace Rcpp;
using namespace arma;

#include <bigmemory/BigMatrix.h>
#include <bigmemory/MatrixAccessor.hpp>

// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]// [[Rcpp::export]]
bool BigArmaT(SEXP pBigMat,SEXP pBigMat_t) {

XPtr<BigMatrix> xpMat(pBigMat);
XPtr<BigMatrix> xpMat_t(pBigMat_t);
int NN(xpMat->ncol());
int MM(xpMat->nrow());

arma::Mat<double> aBigMat((double *)xpMat->matrix(), xpMat->nrow(), xpMat->ncol(), false);
arma::Mat<double> tBigMat(aBigMat.t());

MatrixAccessor<double> Am(*xpMat_t);

for (int i = 0; i < MM; i++){
std::memcpy(Am[i],tBigMat.colptr(i) , NN*sizeof(double));
}return TRUE;

}

Р:

library(Rcpp)
library(RcppArmadillo)
library(bigmemory)

Sys.setenv(PATH="%PATH%;C:/Rtools/gcc-4.6.3/bin;c:/Rtools/bin")

sourceCpp("big_T.cpp")
big_transpose<-function(bigm) {
new_ptr<-big.matrix(nrow=ncol(bigm),ncol=nrow(bigm),type="double")
BigArmaT(bigm@address ,new_ptr@address)
return(new_ptr)
}

set.seed(4)
m <- matrix(rnorm(1000*2000), nrow=1000)
bigm <- as.big.matrix(m,type="double")t_big<-big_transpose(bigm)
t_m<-t(as.matrix(bigm))
all.equal(t_m,as.matrix(t_big))
[1] ИСТИНА

Я нахожу свои попытки неэффективными по двум причинам:

  1. Мне нужно создать вторую big.matrix внутри кода R Является
    есть способ создать внешний указатель на новый big.matrix
    объект внутри с ++?
  2. Сделать работу memcpy Я должен был создать петлю.
    Как скопировать матрицу сразу?

1

Решение

Задача ещё не решена.

Другие решения

Других решений пока нет …

По вопросам рекламы [email protected]