Использование PETSc на make-файле в моем пользовательском make-файле

Я не слишком знаком с Makefiles, поэтому я бы просто перечислил метод «взлома». Мы рассмотрим метод «взломать» в этом тексте позже. У меня есть Makefile и пример исходного кода ex1.cpp, который использует несколько массивов, векторов и функций PETSc, а также мой собственный обычный массив C / C ++, который осуществляет обмен данными с массивом и векторами PETSc. Это можно считать миниатюрной версией вашего дела.

Мой Makefile —

PETSC_DIR=/usr/local/petsc

include ${PETSC_DIR}/conf/variables
include ${PETSC_DIR}/conf/rules
include ${PETSC_DIR}/conf/test

CLINKER=g++

ex1 : ex1.o chkopts
${CLINKER} -w -o ex1 ex1.o ${PETSC_LIB}
${RM} ex1.o
./ex1

Разумеется, вам нужно отредактировать PETSC_DIR в папке каталога PETSc в вашей системе. Ввод «make ex1» скомпилирует и свяжет исходный код, чтобы создать исполняемый файл и выполнить его.

После того, как я выполню «make ex1» в моей системе, отображаются два процесса вывода компиляции и компоновки, которые перечислены здесь следующим образом:

Компиляция —

/ usr / local / petsc / arch-linux2-c-debug / bin / mpicc -o ex1.o -c -fPIC -Wall
-Write-Strings -Wno-строгого псевдонима -Wno-unknown-pragmas -g3 -fno-inline -O0 -I / usr / local / petsc / include -I / usr / local / petsc / arch-linux2-c-debug / включить ex1.cpp

Связывание —

g ++ -w -o ex1 ex1.o
-Wl, -rpath, / usr / local / petsc / arch-linux2-c-debug / lib -L / usr / local / petsc / arch-linux2-c-debug / lib -lpetsc -Wl, -rpath, / usr / local / petsc / arch-linux2-c-debug / lib -lflapack -lfblas -lX11 -lpthread -lm -Wl, -rpath, / usr / lib / gcc / x86_64-linux-gnu / 4.6 -L / usr / lib /gcc/x86_64-linux-gnu/4.6 -Wl, -rpath, / usr / lib / x86_64-linux-gnu -L / usr / lib / x86_64-linux-gnu -Wl, -rpath, / lib / x86_64-linux -gnu -L / lib / x86_64-linux-gnu -lmpichf90 -lgfortran -lm -lgfortran -lm -lquadmath -lm -lmpichcxx -lstdc ++ -ldl -lmpich -lopa -lmpl -lrt -lpthread -lgcc_s –ldl

Итак, хитрость заключается в том, что вы запускаете Makefile и разделяете результаты процесса компиляции и связывания с этим случаем PETSc. Вы делаете то же самое с вашим исходным исходным кодом, который не содержит PETSc, и записываете компиляцию и связываете с ней результаты процесса.

Предположим, что в версии без PETSc выходные данные процесса компиляции g ++ -o ex1.o –I / random_path ex1.cpp и связывание процесса вывода g ++ -w -o ex1 ex1.o –llib1 –L / random_lib2.

Следующим шагом является объединение путей компиляции для кода PETSc и кода, свободного от PETSc, а также со связыванием.
Таким образом, модифицированные процессы компиляции и компоновки будут:

Модифицированный сборник —

/ usr / local / petsc / arch-linux2-c-debug / bin / mpicc -o ex1.o -c -fPIC -Wall
-Write-Strings -Wno-строгого псевдонима -Wno-unknown-pragmas -g3 -fno-inline -O0 -I / usr / local / petsc / include -I / usr / local / petsc / arch-linux2-c-debug /включают -I / random_path ex1.cpp

Модифицированные ссылки —

g ++ -w -o ex1 ex1.o
-Wl, -rpath, / usr / local / petsc / arch-linux2-c-debug / lib -L / usr / local / petsc / arch-linux2-c-debug / lib -lpetsc -Wl, -rpath, / usr / local / petsc / arch-linux2-c-debug / lib -lflapack -lfblas -lX11 -lpthread -lm -Wl, -rpath, / usr / lib / gcc / x86_64-linux-gnu / 4.6 -L / usr / lib /gcc/x86_64-linux-gnu/4.6 -Wl, -rpath, / usr / lib / x86_64-linux-gnu -L / usr / lib / x86_64-linux-gnu -Wl, -rpath, / lib / x86_64-linux -gnu -L / lib / x86_64-linux-gnu -lmpichf90 -lgfortran -lm -lgfortran -lm -lquadmath -lm -lmpichcxx -lstdc ++ -ldl -lmpich -lopa -lmpl -lrt -lpthread -lgcc_s –ldl –Llib1 –L / random_lib2

Вы можете ввести измененные команды непосредственно в терминал или создать BASH-скрипт для их запуска.

Пример кода PETSc, который вычисляет обратные числа в массиве, приведен ниже для справки:

// EX1.CPP
#include <petscvec.h>
#include <petscmat.h>
#include <petscksp.h>

Vec Arr2Vec(double *arr2, int SIZE);

// MAIN FUNCTION
int main(int argc,char **argv)
{
// Initialize PetSc
PetscInitialize(&argc,&argv,(char*)0,"Testing a program!");

// Initialize parameters
int SIZE = 3;
PetscErrorCode ierr;

// **** Create a regular arary and set it with random numbers
double  * arr2;
arr2 = new double [SIZE];

arr2[0] = 0.1;
arr2[1] = 0.4;
arr2[2] = 0.2;

// Convert regular arary to PETSc vector [Note that this must do the same effect as the two-step process of conversion from regular array to PETSc arary and that to PETSc vector as listed above]
Vec x = Arr2Vec(arr2, SIZE);

printf("Reciprocal Vector : \n"); VecReciprocal(x);
VecView(x,PETSC_VIEWER_STDOUT_WORLD);

//Cleanup
ierr = VecDestroy(&x);
CHKERRQ(ierr);
PetscFinalize();

return 0;
}

Vec Arr2Vec(double *arr2, int SIZE)
{
PetscScalar *array1;
PetscMalloc(SIZE*sizeof(PetscScalar),&array1);

for(int i=0;i<SIZE;i++)
array1[i]=arr2[i];

// Setup vector
Vec x;
VecCreate(PETSC_COMM_WORLD,&x);
VecSetSizes(x,PETSC_DECIDE,SIZE);
VecSetFromOptions(x);

// Place PetSc array as Vector
VecPlaceArray(x,array1);

return x;

}