Есть ли в Eigen алгоритм решения задач ближайшей корреляционной матрицы?
Вы можете использовать SelfAdjointEigenSolver
чтобы разложить вашу неположительную определенную матрицу, отредактируйте отрицательные собственные значения к чему-то слегка положительному и (вручную) заново составьте матрицу.
Других решений пока нет …