Двоичный GCD — слишком медленный алгоритм

Согласно Википедии (http://en.wikipedia.org/wiki/Binary_GCD_algorithm) Я пытался написать двоичный GCD для больших чисел (до 5000 цифр).

Сам мой GCD выглядит так:

bitset<N> gcd(bitset<N> u, bitset<N> v) {
bitset<N> one (string("1"));
bitset<N> zero (string("0"));

int shift;

if (u == 0) return v;
if (v == 0) return u;

for (shift = 0; ((u | v) & one) == zero; ++shift) {
u >>= 1;
v >>= 1;
}

while ((u & one) == zero) u >>= 1;

do {
while ((v & one) == zero) v >>= 1;

if (u.to_string() > v.to_string()) {
bitset<N> t = v;
v = u;
u = t;
}

bitsetSubtract(v,u);
} while (v != 0);

return u << shift;
}

Я также использую собственную функцию вычитания битов:

void bitsetSubtract(bitset<N> &x, const bitset<N> &y) {
bool borrow = false;

for (int i = 0; i < N; i++) {
if (borrow) {
if (x[i]) {
x[i] = y[i];
borrow = y[i];
} else {
x[i] = !y[i];
borrow = true;
}
} else {
if (x[i]) {
x[i] = !y[i];
borrow = false;
} else {
x[i] = y[i];
borrow = y[i];
}
}
}
}

Я не вижу места для улучшения скорости этого алгоритма (сам двоичный GCD работает быстро), но я получаю обратную связь, что моя программа работает слишком медленно.